4 Colecta y organización de datos
4.1 Exportar plantilla de evaluación
Para esta sección vamos a usar nuestra idea de investigación “Jatropha curcas imbibition time” y vamos a crear el diseño experimental haciendo uso del paquete agricolae (de Mendiburu, 2020) que también permite hacer el diseño experimental de diversos modelos estadísticos para experimentos de ciencias biológicas y agrícolas.
En base a nuestro plan experimental tenemos la siguiente información:
| Variables | Abbreviation | Units/Class | Description |
|---|---|---|---|
| Bar code | bar_code | Factor | Unique bar code identification for each EU |
| Plots identification | plots | Factor | Unique identification for each EU |
| Block | block | Factor | 4 repetitions |
| Imbibition time | imb | Factor | 13 imbibition time each 2 hours |
Con la información de la tabla 4.1 diseñaremos nuestro libro de campo y la distribución del experimento en el área de trabajo.
library(tidyverse)
library(agricolae)
imb <- seq(from = 0, to = 24, by = 2)
rep <- 4
fbd <- design.rcbd(trt = imb,
r = rep,
seed = 20,
serie = 2)
fb <- fbd$book %>%
mutate(imbt = paste0(imb, "hrs")) %>%
mutate(block = recode(block,
"1" = "I",
"2" = "II",
"3" = "III",
"4" = "IV")) %>%
mutate(bar_code = paste("PE2015", plots, block, imb, sep = "_")) %>%
select(bar_code, everything())
fds <- zigzag(fbd)
fds <- matrix(fds[,1],byrow=TRUE,ncol=13) %>%
as.data.frame()
writexl::write_xlsx(x = fb, path = "files/fb.xlsx")El libro de campo para colecta de la información sera usado para las etiquetar las unidades experimentales y el libro de colecta de datos que nos permitirá la evaluación de los experimentos con nuestras tablets o teléfonos inteligentes.
La distribución de nuestro experimento en el campo o invernadero tendría el siguiente esquema.
| V1 | V2 | V3 | V4 | V5 | V6 | V7 | V8 | V9 | V10 | V11 | V12 | V13 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 102 | 103 | 104 | 105 | 106 | 107 | 108 | 109 | 110 | 111 | 112 | 113 |
| 213 | 212 | 211 | 210 | 209 | 208 | 207 | 206 | 205 | 204 | 203 | 202 | 201 |
| 301 | 302 | 303 | 304 | 305 | 306 | 307 | 308 | 309 | 310 | 311 | 312 | 313 |
| 413 | 412 | 411 | 410 | 409 | 408 | 407 | 406 | 405 | 404 | 403 | 402 | 401 |
4.2 Etiquetado de unidades experimentales
El etiquetado de las unidades experimentales es una actividad que muchas veces es deja de lado por el trabajo que genera. Piénsalo 2 veces antes de dejar esta actividad para el final, un etiquetado adecuado, facilitara la evaluación y toma de datos en todas las instancias del proyecto. Además nos permitirá usar una tablet o teléfono inteligente para colectar los datos de cada unidad experimental.
Herramientas necesarias para las etiquetas:
- Libro de campo o fieldbook en formato xlsx o csv.
- Web-App: Next Generation Label System Printer https://lpsng.rsj.de/
- Modelo base para las etiqueta (sugerencia) https://lpsng.rsj.de/jqedit.html#02a34156-6bbc-4dfd-e66a-7aaa5955c058
- Impresora o servicio de gigantografía para las etiquetas.
El libro de campo debe contener por lo menos las siguientes columnas:
- Un columna con códigos de identificación únicos, que nos permitan generar los códigos de barras para nuestras unidades experimentales.
- Columnas con los factores del experimento.
En el caso del ejemplo del libro de campo para tiempo de imbibición de semillas en Jatropha curcas la columna “bar_code” es la columna que contiene los valores únicos para las etiquetas. Los códigos para las etiquetas siempre deben iniciar con un carácter (texto) y nunca con un número ya que generará error al momento de la lectura del código de barras. En este caso adicioné el texto “PE2015” para hacer referencia al lugar de ejecución del experimento (Pernambuco) y año del experimento (2015), cabe mencionar que el separador entre columnas es "_" ya que de esta forma en caso de perder el libro de campo con el separador de texto de excel o gsheet nos permitirá reconstruir el libro de campo completo.
Evitar que el libro de campo contenga otros datos como el nombre de las variables ya que dificultará el desarrollo de las etiquetas y el libro colector de datos.
“Next Generation Label System Printer” es la mejor aplicación web que encontré para generar etiquetas de forma fácil y eficiente, así que les recomiendo pagar la suscripción cuando la necesiten. Para nuevos usuario los primero 15 días son gratis, así que puedes probar la app.
Generalmente pago la sucripción al inicio de cada experimento, donde genero todas las etiquetas para mi experimentos y una vez generadas puedo imprimirlas cuando desee durante la ejecución del trabajo.
El diseño de las etiquetas esta basada en una configuración de impresion de 1x1 metro en gigantografía. El precio promedio de la gigantografía a full color en alta resolución por metro cuadrado es de 4 a 6 dolares. La resolución de la impresion es muy importante ya que permitirá que codigo de barra pueda ser leido adecudamente.
Figure 4.1: Configuración de modelo base para las etiqueta
Figure 4.2: Suscription recomendada para la creación de las etiquetas
4.2.1 Video :: etiquetas
4.2.2 Ejemplo :: etiquetas
4.3 Libro de colecta de datos
Diseño de libro de colecta de datos o libro de campo físico, es el documento que me servirá de soporte para las evaluaciones de los trabajos de investigación así como contener toda la información impresa del experimento en caso de no tener acceso a la internet o no contar con una dispositivo inteligente permitiéndonos colectar la información sin ningún inconveniente.
Herramientas necesarias para el libro de campo:
- Libro de campo o fieldbook en formato xlsx o csv.
- Web-App: Next Generation Label System Printer https://lpsng.rsj.de/.
- Modelo base para las el libro de campo (sugerencia) https://lpsng.rsj.de/jqedit.html#ac64b019-6040-441a-ae5d-9bbfc9856b36
- Impresora normal.
Cuál es la información mínima que debe contener mi libro de campo?
- Diseño de libro de campo con los códigos de barras.
- Diseño experimental o croquis del experimento.
- Lista de las variables que se evaluará en el trabajo.
Toda esta información debe ser impresa y anillada en un solo documento. Se puede incluir al libro de campo otros datos o información relevante de acuerdo a los requerimientos del trabajo de investigación.
Las columnas para la colecta de datos usadas el diseño del libro de campo esta introducida como imagen, y pueden ver el diseño en el link.
Figure 4.3: Imagen insertada en el libro de colecta de datos para la toma de información experimental
4.3.1 Video :: libro de colecta de datos
4.3.2 Ejemplo :: libro de colecta de datos
4.4 Evaluación de experimentos
Independientemente del tipo de diseño que hayas elegido el cual será utilizado para analizar los datos colectados. La información debe ser tomada e inserida al libro de campo para cada unidad experimental.
Los materiales necesarios para evaluar los experimentos con nuestros dispositivos inteligentes son los siguientes:
- Libro de colecta de datos.
- Libro de colecta de datos impreso.
- Tablet o celular.
- ScanPet app https://play.google.com/store/apps/details?id=com.maiko.xscanpet&hl=es-419
Para la evaluación de los experimentos se recomienda que las variables en el libro de colecta de datos tengan la siguiente estructura separado por sub guiones "_":
- Abreviación del nombre de la variable (3 a 4 letras).
- Días después de la siembra de la evaluación (DDS).
- Número de la sub muestra que se van evaluar.
| Nombre de la variable | Abreviación | DDS | Muestras | Nombre columnas |
|---|---|---|---|---|
| Seed Coat Hardness | sch | 0 | 3 | sch_0_1, sch_0_2, sch_0_3 |
| Electrical conductivity | elc | 0 | 1 | elc_0_1 |
Figure 4.4: Nombre de las variables de evaluación en el libro de colecta de datos. Donde: sch: Seed Coat Hardness, hpt: Hydrogen potential, elc: Electrical conductivity, tct: Tetrazolium Chloride Test
4.4.1 Video :: configuracion de ScanPet app
4.4.2 Video :: evaluación de experimentos
4.5 Plex :: libro de campo
Libro de campo con datos reales de un experimento conteniendo toda la información que se explicó hasta el momento, desde la concepción de la idea, planificación y colecta de datos.
20150607PE (J. Curcas - Imbibition time) https://docs.google.com/spreadsheets/d/1gue-wSQcEu4nJigVZdUWsTfIIzhtxpDRdWAQiEHgKak/edit#gid=1981295232
La información de este experimento dio como resultado la publicación: “Germination behavior of Jatropha curcas L. after different imbibition times” en la revista Peruvian Journal of Agronomy (Lozano-Isla et al., 2017).